当然，协议离婚相对于诉讼离婚也有一些缺陷，主要有：
1．离婚协议书的内容，不具备强制执行力。协议离婚的协议书内容，不像法院的判决和调解书一样，具有法律效力。协议离婚后，如果一方当事人不履行协议离婚中的义务，比如，不按期支付抚养费，或不履行房屋过户手续，或不履行支付共同财产折价款的义务，另一方当事人还得另行起诉打官司，让法院确认离婚协议有效并赋予强制执行权利后，再申请法院执行。
2．离婚协议书的内容，可能会隐藏有后患。由于当事人不具备应有的法律素质，加上有些婚姻登记机关的相关法律知识相对较少，在审核相关离婚协议时，看不到离婚协议书中隐藏的风险，或对一方当事人不利的因素，导致可能有后患发生。
3．离婚协议书的内容，当事人从诉讼程序上有反悔的权利。根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释（二）（以下简称为《婚姻法解释》（二））的规定，男女双方协议离婚后一年内就财产分割问题反悔，请求变更或者撤销财产分割协议的，人民法院应当受理。但该文件同时规定，人民法院审理后，未发现订立财产分割协议时存在欺诈、胁迫等情形的，应当依法驳回当事人的诉讼请求。但毕竟一方当事人离婚后一年内从司法程序上有反悔的权利。